bootsect /nt60 c:
bcdboot c:\windows /s d:
bootrec /fixmbr
bootrec /fixboot
boot rec /rebuildbcd

wputil reboot

bootファイル類をまるまる再生成する方法

※例では、Windowsがインストールされているドライブが　C:

BOOT用のドライブが Z:

bcdboot C:\windows /s Z:

アクティブにするのを忘れずに!

UEFIの場合、以下のようにする

bcdboot C:\windows /s Z: /f UEFI